Dalla sua fondazione, l’Abbazia conobbe tre secoli di splendore grazie a numerose vocazioni e a generosi lasciti, fino al saccheggio del chiostro e della chiesa operato da Braccio da Montone nel 1422. Privata d’autonomia, passò a cardinali commendatari – che restaurarono chiostro e navate – quindi ai Gesuiti, che vi eressero magazzini, stalle e case coloniche.

Nel 1773 la nobile famiglia Giustiniani Bandini acquistò il complesso, aggiungendo sul lato sud un elegante palazzo neoclassico e dando vita a un giardino all’inglese con lecci secolari. Alla loro estinzione (1918) il patrimonio – 1.800 ettari – fu affidato a una fondazione agraria che, nel 1985, istituì la Riserva Naturale Abbadia di Fiastra; nello stesso anno i Cistercensi fecero ritorno per restaurare la vita monastica, fino alla loro ultima partenza nel 2018.
La chiesa, a tre navate e pianta a croce latina, conserva ancora capitelli unici, due rosoni e affreschi tre‑quattrocenteschi, mentre le volte a crociera furono sostituite da capriate lignee. Nel refettorio dei conversi spiccano sette colonne riciclate da Urbs Salvia; al centro del chiostro quadrato si trova un pozzo ottagonale che alimenta una cisterna sotterranea. Tra gli altri ambienti di rilievo: il cellarium (magazzino e dormitorio dei conversi), la sala delle oliere con canali di drenaggio, le grotte‑cantine sotto la chiesa e la raccolta di reperti archeologici provenienti da Urbs Salvia.